八国联军进京时，朝廷外出，全国局势一度混乱。黄飞鸿（）和他的父亲黄麒英（），他的第十四个姑姑（），他的徒弟梁宽（）和他的鬼脚七（）南下番禺，希望见到他的第十三个姑姑（关之琳），朱柔蓉（郑则仕）和亚杰素（郭晋安）。师徒二人与南岳米仓产生了误会，南岳米仓担心海盗劫掠粮食。这两个团伙互不相识，黄飞鸿帮助他们将偷米贼送到衙门。他震惊地得知偷米贼是工头谢思（张铁林饰）指使的。原来，南海海盗趁乱，活动频繁，使得番屿没有官方控制，军官们只能靠偷盗维持军粮。由于第四阶级的忠诚，放弃了去香港的计划，开始了与单眼英、张云林和等当地海盗的一系列战斗...这部电影是徐克导演的黄飞鸿系列的第五部。