宇宙中长着翅膀的野兽格兰达出现在太空中。超级胆量和戴娜·奥特曼都在战斗中失败了。在关键时刻，TPC制造的战舰普罗米修斯号出现了，并拯救了丹娜。几天后，普罗米修斯的简报会在克莱奥莫斯岛举行。SuperGUTS去参加了会议，并会见了负责开发的月如·泪博士（杉本彩饰演）。普罗米修斯通过用人类思维数据模拟人类行为来进行战斗。为了获得数据，她希望将SuperGUTS玩家的战斗经验移植到普罗米修斯身上。鸟信（鹤野刚士）作为第一个数据移植者，在移植过程中失去了知觉。这时，神秘的不明飞行物入侵了克罗莫斯岛。敌人击退了超级怪兽的进攻，并将普罗米修斯变成了电脑恶魔德菲萨…