几年前，人类用超级战列舰“海天号”在南极打败了“戈吉拉号”，并将“戈吉拉号”封存在地下。但除了“戈吉拉”之外，地球上还有许多怪兽，对人类的各大城市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”来应对各种怪兽的入侵。地球防御部最强大的成员是“蓬勃发展的天空”，它封印了戈吉拉和它的队长“道格拉斯·戈登上校”。此外，为了应对怪物带来的麻烦，地球防卫部特意挑选了具有特殊能力的人类。这些“超人”拥有普通人没有的“M染色体”，因此这些人比普通人有更强的体能和敏捷性来应对怪物的攻击，而最好的一个是“小崎少尉”。不久前，人们挖出了一个巨大怪物的遗骸，而这个怪物具有机械和生物的本质。人们怀疑这个能把生物和机械结合起来的怪物应该来自外太空。不久，小崎收到了来自婴儿岛“小美人”的警告。这个怪物就是当年被“魔斯拉”封印的“盖刚”，盖刚的出现代表了人类危机。它在盖刚出土后不久，世界各地突然同时遭到怪物袭击，这让地球国防部忙了一阵子。但是神秘的飞行器突然出现，却将这些怪物全部带走了。这些自称为“行星X人”的外星访客宣称他们是人类的朋友，并希望与人类建立联盟，甚至声称一颗巨大的行星即将撞击地球。然而，在小崎新一和道格拉斯的调查下，人们发现并没有神秘的行星撞击地球。而那些怪物只是外星人入侵地球释放出来的，X人只是想把人类当食物。虽然外星人的真实面目已经暴露，但外星人拥有不可思议的超能力和服从他们的巨大怪物。地球防卫军最终被歼灭，只有炸弹日还活着。这时，道格拉斯想出了一个大胆的计划，那就是解开南极洲戈吉拉的封印，让地球上最强大的怪兽戈吉拉面对这些来自其他星球的入侵者。....