故事发生在NERV一所名为东京市立新三院的学校里，校长是严肃沉默的秋原（由立木文彦配音）。作为校长的儿子，新垣结衣（绪方惠美配音）感到压力很大。与此同时，从国外转来的红头发学生明日香（由宫村段丽阳配音）和分成三姐妹的凌波丽（由林原惠美配音）给新垣结衣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，原著中高大帅气的牛角机也将以娇小可爱的形象出现在动画中作为学院的一员。这部动画以《新世界福音战士》中的人物为原型，一改原著沉重严肃的氛围，描写了轻松愉快的校园生活。制作人首次采用3D Q版造型，真实背景和2D拼接，创造了多样化的绘画风格。