0011年的地球上，由于11年前的巨变，人类失去了2/3的人口。南极冰山融化，12000年前灭亡的亚特兰蒂斯重新出现在世界上，有翅膀的“落翼族”苏醒了。他们将生物机械武器和神话巨兽陆续送入人类城市，俘虏了人类，并摄取了生物能量《往世书》。另一方面，人类决心反击，从海洋纪念碑挖掘出三款混合战机矢量机。这是一件传说中的武器，在一万两千年前将落羽族逼到了灭绝的边缘。向量机已经组合好了，机械天使Aquarion即将出现。要启动Aquarion，你需要一个能感受和共鸣身体机械生命的人，叫做元素。这需要特别敏锐的五官和纯洁的灵魂，于是十五岁左右的少女被选作飞行员，聚集在一起。然后，机械天使宝瓶龙联手的时刻到来了。